O monitoramento dos mananciais é essencial para o controle da poluição e conhecimento relacionado à possíveis alterações que possam se processar no corpo hídrico. Diante disso, a Sanepar enfatiza a importância de cuidados especiais que evitem a degradação ou alteração das propriedades naturais do mesmo, realizando constantes análises na água coletada na ETA, assim como o monitoramento acerca das condições do rio, mediante o lançamento dos efluentes domésticos lançados após o tratamento nas ETE's, a fim de proporcionar a manutenção das condições ambientais positivas.